El Beato Martín Juan de Palafox y Mendoza era hijo de Don Jaime Palafox, Marqués de Ariza. Aragonés de Ariza, aunque nacido en Fitero (Navarra). Estudió en Alcalá de Henares y en Salamanca. En 1626 era diputado de nobleza en las cortes de Monzón y poco después fiscal de los Consejos de Guerra e Indias.
Fue ordenado sacerdote y se lo asignó capellán de María Ana de Austria, hermana de Felipe IV, a quien acompañó en varios viajes por Europa. Don Jaime Palafox fue su sobrino.
En 1639 fue presentado por el Rey como Obispo de Puebla de los Ángeles, en Madrid. Siendo confirmado por el Papa Urbano VIII, el 27 de octubre de ese mismo año. Se distinguió por sus esfuerzos en la protección de la población indígena de los colonizadores españoles, prohibiendo emplear cualquier método de conversión que no fuera el de la persuasión.
Fue nombrado también visitador y comisionado para someter a juicio al Virrey Don Diego López de Pacheco Cabrera y Bobadilla, Duque de Escalona y Marqués de Villena, de cuya fidelidad al Rey se dudaba en la Corte. Palafox llegó en secreto a la Ciudad de México y la noche del 9 de julio de 1642 mandó arrestarlo, confinándolo en el Convento de Churubusco. Confiscó y remató sus bienes y lo remitió a España.
Durante este periodo, Juan de Palafox ocupó temporalmente el cargo de Virrey de la Nueva España, en funciones desde el 10 de junio al 23 de noviembre de 1642. En este lapso formó las ordenanzas para la Universidad, la Audiencia y los abogados, y levantó 12 milicias para la defensa, pues temía que pudieran propagarse por la Colonia las revoluciones de Portugal y Cataluña.
En Puebla fundó el convento de religiosas dominicas de Santa Inés, redactó constituciones para el seminario de San Juan y erigió los colegios de San Pedro (para gramática, retórica y canto llano), y el de San Pablo (para grados académicos), al que dotó de una excelente biblioteca, hoy llamada Palafoxiana. Creó el colegio de niñas dedicado a la Purísima Concepción y dedicó sus mejores esfuerzos a terminar la Catedral, que finalmente consagró el 18 de abril de 1649.
Vacante la sede Metropolitana por la muerte de Monseñor Don Feliciano de Vega y Padilla (1641) mientras viajaba desde Acapulco, el Cabildo eclesiástico lo eligió Arzobispo de México el 12 de noviembre de 1643.
Su defensa de la Jurisdicción episcopal es un capítulo que sólo puede entenderse teniendo presente la responsabilidad del Obispo como ejecutor de las disposiciones del Concilio Tridentino. El gesto de la designación de Conservadores (mayo de 1647), que llegaron a declarar Sede Vacante con el Obispo presente en el territorio, haciendo caso omiso de tres provisores designados legítimamente para suplirle en caso de ausencia, revestía una gravedad tal que, según diagnosticaba Palafox, amenazaba la estructura misma de la Iglesia. Sobre el tema escribió Palafox mucho y muy claro, obligado a contrarrestar la propaganda de sus adversarios.
Sin embargo, en la historiografía eclesiástica, su versión ha tenido menos eco que la contraria.
A causa de no ser aceptado por los regulares a sujetarse a visita y examen, conforme lo disponían varias cédulas reales, Palafox nombró 36 curas regulares y erigió otras tantas parroquias.
Debido a su papel en el contencioso mencionado, encontró la hostilidad de los jesuitas (1645), lo que motivó su gran animadversión hacia ellos. En dos ocasiones (1647 y 1649) manifestó mediante quejas formales ante el papado de Roma sus desavenencias. Inocencio X, sin embargo, rechazó estimar sus censuras, y todo lo que pudo obtener fue un informe de 14 de mayo de 1648 que instaba a los jesuitas a respetar la jurisdicción episcopal. En 1653 los jesuitas consiguieron su traslado a España.
En España fue nombrado obispo de Osma, donde murió a los pocos años. Está enterrado en su Catedral, en una capilla (Capilla del Venerable Palafox) proyectada por Juan de Villanueva.
En 1666 su cuerpo estaba incorrupto. Su Proceso de Beatificación, incoado en la diócesis de Burgo de Osma en 1666 y en Puebla de los Ángeles en 1688. El 27 de enero de 2004 fue aprobada, por los Consultores Históricos de la Congregación para las Causas de los Santos, la Positio presentada por la Postulación de la Causa en los años 1998-2003. E l 4 de abril de 2008 tuvo lugar, con éxito positivo, el «Congressus Peculiaris super Virtutibus», el 2 de diciembre sucesivo tuvo lugar, con el mismo éxito positivo, la Congregación de Cardenales y Obispos y el 17 de enero de 2009 fue promulgado el Decretro sobre las Virtudes. El 26 de febrero de 2009 la Consulta Médica se pronunció favorablemente sobre la inexplicabilidad de la curación del párroco de Fuentemolinos, don Lucas Fernández de Pinedo, ocurrida el 29 de noviembre de 1766 y atribuida a la intercesión del Ven. Juan de Palafox. El Congreso Peculiar de los Consultores Teólogos dio su parecer favorable el 27 de junio de 2009.
Obra Cultural
Juan de Palafox fue un mecenas entusiasta, y durante su obispado en Puebla, la ciudad se convirtió en el centro musical de Nueva España. Compositores como Juan Gutiérrez de Padilla, el maestro de capilla de la catedral bajo Palafox y el compositor de siglo XVII más famoso en México, llevaron los más novedosos estilos de música europeos al Nuevo Mundo.
Palafox creyó intensamente en la educación y la cultura, y reunió una biblioteca de cinco mil libros de ciencia y filosofía, denominada Biblioteca Palafoxiana. Fue amigo de Andrés de Uztarroz, que lo elogió como escritor en su Aganipe de los cisnes aragoneses en el clarín de la fama. A Uztarroz le escribe pidiéndole que se publique su Historia real sagrada y su Varón de deseos.
Sus obras, en 15 tomos, se imprimieron en Madrid en 1762, a iniciativa de los Carmelitas Descalzos. Como escritor, fue autor de obras de carácter ascético, como Trompeta de Ezequiel (Madrid, 1658). También fue elogiado por Baltasar Gracián en Agudeza y arte de ingenio (1648), en el discurso LVI, en el que alaba una obra titulada El pastor de Nochebuena y en El Discreto, XVIII.
