Nació en 1474 en Cuauhtitlán, entonces reino de Texcoco, perteneciente a la etnia de los chichimecas. Siendo adulto y padre de familia, atraído por la doctrina de los PP. Franciscanos llegados a México en 1524,
recibió el bautismo junto con su esposa María Lucía. Se llamaba Cuauhtlatoatzin, que en su lengua materna significa “Águila que habla”, o “El que habla con un águila”, y al ser bautizado recibió el nombre de Juan Diego. Tanto María Lucía como él fueron bautizados por el misionero franciscano Fray Toribio de Benavente, llamado por los indios “Motolinia”.
Celebrado el matrimonio cristiano, vivió castamente. Su esposa María Lucía falleció en 1529 y, al morir ésta, Juan Diego se fue a vivir con su tío Juan Bernardino en Tolpetlac, a 14 kilómetros de la iglesia de Tlatelolco, Tenochtitlán.
El 9 de diciembre de 1531, mientras se dirigía a pie a Tlatelolco, en un lugar denominado Tepeyac, tuvo una aparición de María Santísima, que se le presentó como “la perfecta siempre Virgen Santa María, Madre del verdadero Dios”. La Virgen le encargó que en su nombre pidiera al Obispo capitalino, el franciscano Juan de Zumárraga, la construcción de una iglesia en el lugar de la aparición. Y como el Obispo no aceptó la idea, la Virgen le pidió que insistiese. Al día siguiente, domingo, Juan Diego volvió a encontrar al Prelado, quien lo examinó en la doctrina cristiana y le pidió pruebas objetivas en confirmación del prodigio.
En espíritu de pobreza y de vida humilde Juan Diego recorrió el camino de la santidad, dedicando mucho de su tiempo a la oración, la contemplación y la penitencia. Dócil a la autoridad eclesiástica, tres veces por semana recibía la Santísima Eucaristía. Las virtudes cristianas que caracterizan su vida son su fe sencilla, su confianza en Dios y en la Virgen, su caridad, su coherencia moral, su desprendimiento y su pobreza evangélica.
El 12 de diciembre, martes, mientras Juan Diego se dirigía de nuevo a la ciudad, la Virgen se le volvió a presentar y le consoló, invitándole a subir hasta la cima de la colina del Tepeyac para recoger flores y traérselas a ella. No obstante la fría estación invernal y la aridez del lugar, Juan Diego encontró unas flores muy hermosas. Una vez recogidas las colocó en su “tilma” y se las llevó a la Virgen, que le mandó presentarlas al señor Obispo como prueba de veracidad. Una vez ante el Obispo Juan Diego abrió su “tilma” y dejó caer las flores, mientras en el tejido apareció, inexplicablemente impresa, la imagen de la Virgen de Guadalupe.
Luego del milagro de Guadalupe, Juan Diego, movido por una tierna y profunda devoción a la Madre de Dios, dejó los suyos, la casa, los bienes y su tierra y, con el permiso del Obispo, pasó a vivir a un pequeño cuarto junto al templo de la “Señora del Cielo”. Pasó el resto de su vida dedicado a la difusión del relato de las apariciones entre la gente de su pueblo. Murió el 30 de mayo de 1548, a la edad de 74 años.
