Nació en el municipio de Sombrerete, Zacatecas, el 8 de febrero de 1898. Muy niño llegó a radicar a Chalchihutes, debió interrumpir su formación para atender las necesidades de su familia.
De nuevo en Chalchihutes, se empleó como dependiente de un comercio; tiempo después, con el fruto de sus ahorros pudo establecer una panadería. En 1921, contrajo matrimonio con la maestra Consuelo Loera, quien le dio tres hijos.
Cristiano íntegro, gozó de la estimación de los vecinos por atento y amable; respetuoso y fiel con su esposa, padre de familia ejemplar; vivió intensamente su condición de bautizado. Interesado en la acción social católica, se afilió al Círculo de Obreros Católicos León XII, del que fue secretario y a la Asociación Católica de la Juventud Mexicana, de la que fue socio fundador.
Nutrían su vida cristiana la oración y la Eucaristía, que recibía con frecuencia; manifestó la intensidad de su fe y entrega a Dios en su trabajo, modesto y honrado. La armonía conyugal y familiar y sus relaciones amistosas con los demás complementaban su vida sencilla y fervorosa.
En junio de 1925 encabezó en Chalchihuites una filial de la Liga Nacional Defensora de la Libertad Religiosa. La víspera de la suspensión del culto público en México, el 29 de julio de 1926, los miembros de la Liga sesionaron públicamente en la plaza de toros del lugar, Manuel arengó a los presentes: Nuestro proyecto es suplicar al gobierno se digne ordenar la derogación de los artículos constitucionales que oprimen la libertad religiosa. Terminó su discurso con elocuencia. A los cuatro vientos y con el corazón henchido de júbilo gritemos: ¡Viva Cristo Rey y la Morenita del Tepeyac!
Donaciano Pérez, presidente municipal deseoso de arremeter contra los activistas católicos, denunció la manifestación a la jefatura de operaciones militares de Zacatecas.
El jefe militar, general de división Eulogio Ortiz, envió a Chalchihuites once soldados con la orden de aprehender y ejecutar al párroco de ese lugar y a los líderes principales de los laicos. Los soldados se posesionaron de Chalchihuites la noche del sábado 14 de agosto y de inmediato arrestaron al párroco. Enterado de los hechos, Manuel Morales convocó a algunos vecinos para gestionar la libertad del señor cura; la reunión fue interrumpida por los soldados: ¡Manuel Morales!, preguntaron. ¡A sus órdenes!, respondió el aludido.
Horas más tarde, junto con el párroco Batis, fue trasladado a bordo de un automóvil a una encrucijada de caminos. Cuando el párroco trató de salvarle la vida, alegando que Manuel tenía hijos pequeños; el aludido lo interrumpió: “Deje que me fusilen, señor cura. Yo muero, pero Dios no muere. Él velará por mi esposa y mis hijos”. Luego exclamó: ¡Viva Cristo Rey y la Virgen de Guadalupe! Las balas de los rifles segaron su vida. Sus restos yacen en la parroquia de Chalchihuites.
